其實只要是對於人體有益的菌種，都可以叫做『益生菌』，其中益生菌多以乳酸桿菌、雙崎桿菌或是酵母菌較常見，醇素卻與益生菌完全沒有任何關係，酵素的作用是幫助加速身體吸收或代謝的一種蛋白質，並不屬於任何菌種。
- 益生菌：對人體有益處的菌種，都可以稱為益生菌
- 乳酸菌：利用葡萄糖或乳酸進行發酵，可產生乳酸的細菌（有可能是益生菌）
- 酵母菌：單細胞型態的真菌，也可拿來發酵、釀酒（有可能是益生菌）
- 酵素：本身是一種蛋白質，並非菌種。
挑選益生菌的時候，最重要的就是要看這個菌株是否經過實驗證實，具備特定功效（例如：排便順暢、調整體質等），我們可以從商品外盒查看益生菌菌株編號，這個編號就跟益生菌的身分證一樣，即使同一個菌種，也可能有不同的菌株編號，甚至有全然不同的保健用途。如果產品只有標明菌種，沒有菌株編號，那根本是標示不全！舉個例子：嗜酸乳桿菌Lactobacillus acidophilus NCFM，NCFM就是菌株編號；NCFM是國際論文實證具備腸道保健的功能菌株編號。
目前益生菌菌株的功能，涵蓋腸道保健、睡眠改善、私密處保健、過敏體質調整、壓力調節、免疫功能提升⋯⋯等等，益生菌都需經過臨床實驗，而每一支菌株的保健功能都不同，沒有一種菌株可以改善所有問題，所以在挑選益生菌時，務必依照自己的身體需求，選擇適合的益生菌，如果挑錯菌株，不僅吃了無感，更讓荷包大失血。
益生菌食用的大原則就是『空腹食用』，是因為益生菌在吃下去後最先經過的地方是胃，吃飽飯後會因為有食物在胃裡面，進而導致益生菌有機率在胃酸中待超過3~4個小時，使得降低益生菌存活的機率。（還有益生菌不耐熱以及害怕抗生素，也要特別注意！）
益生菌建議食用的時機
除了注意以上的食用時機與避開干擾的因素外，記得要每天定時定量的吃，讓持續增長的益生菌擁有良好的生長環境。
